科研工作流¶

DeepTutor 为科学论文请求、支持论文搜索的聊天以及 Deep Research 挂载了 preprint、research_audit 和 research_lit。它们是上下文门控工具；七个用户可切换工具保持不变。

• preprint(paper, action="read", pages=[...]) 读取主 arXiv PDF，保留所请求的版本和旧版 archive ID，记录其 SHA-256，并返回页面级文本和原始来源链接。下载上限为 32 MiB，PDF 上限为 500 页；单次读取最多 20 页 / 36,000 个字符。覆盖范围与缺失的可提取文本会被明确说明。
• preprint(..., action="figures") 在调用方未指定页面时选择图注候选页面。它渲染忠实的原始页面，而不是声称自动图形裁剪。对于具备视觉能力的模型，最多两张图片进入请求本地的模型上下文；像素永远不会进入持久化工具元数据。链接标明来源版本和页面。渲染并不证明模型实际检查了每张图片。
• research_audit(paper, repository, ref="HEAD", files=[...], checks=[...]) 将 GitHub 修订版本解析为一次提交，并读取最多八个静态文件。引用检查要求论文引用和代码引用都存在于这些获取到的来源中。数值差异是语义审查的候选对象：参数映射、单位、默认值和实际路径仍然重要。Local/admin 原生读取可以使用现有的 GITHUB_TOKEN 环境凭据；其他账户使用各自已授权的 MCP 连接，而不是借用部署令牌。公共 API 的速率限制/访问失败仍属于未验证的失败。该工作流不会执行下载的仓库代码，也不会证明实验复现。对于公式和方法，请使用完整的主要文本；对于仍未验证的运行时/环境/数据检查，请如实报告。
• research_lit(topic, followups=[...]) 搜索主要 arXiv 元数据，最多包含三个明确的后续查询，并对论文身份进行去重。其矩阵记录来源、作者、证据级别和覆盖范围。在判定一致/不一致之前，请阅读完整论文；Deep Research 的 APPEND 队列支持对矛盾和证据缺口进行递归调查。

这份报告将主张、方法、数据、指标、结果和局限性，与论文页面和提交文件引用进行比较。作者发现、模型推断、生成的摘要和社区注释仍然是不同的证据层。无法获得的检索是失败，而不是空集或已验证的发现。

alphaXiv 与自托管研究 MCP¶

目录中包含官方的 alphaXiv MCP 端点，支持 OAuth 和四个研究读取工具：发现、全文论文文本、页面查询和仓库文件。此预设未启用库写入工具。当需要主要证据时，请使用 get_paper_content 请求 fullText=true；其默认的中间报告是生成的分析。

Chat 和 Deep Research 对这些工具使用相同的账户/工作区/合作伙伴授权视图。preprint(action="mcp", mcp_tool="<qualified name>", arguments={...}) 可以调用已公布且已授权的研究读取操作。自托管的 Feynman 风格 MCP 服务器可以通过此绑定公开 audit/lit/arxiv/alphaxiv 操作，或只读的讨论/注释操作。

preprint(action="discussion") 读取公共 alphaXiv 论文页面，并将注释覆盖范围标记为未验证：生成的概览和动态省略的评论不得呈现为主要论文或完整的讨论导出。当前官方 MCP 文档没有公布专门的评论端点。如果某个已配置的服务器暴露了 get_comments、get_discussions、get_annotations 或 get_errata，该输出会被明确标记为社区注释层；不可用的工具仍然不可用。

受信任的私有 MCP 来源¶

管理员可以通过在管理 MCP 注册表中设置 allow_private_network=true 来批准专用远程服务器来源。编辑器会暴露此设置；被禁用的管理条目可充当批准，而无需公布共享工具连接。账户自身的服务器只有在其精确的 scheme、host 和 port 与当前管理批准一致时，才能选择相同标志。

{
  "servers": {
    "research_origin_approval": {
      "url": "http://research.internal:8080/mcp",
      "allow_private_network": true,
      "enabled": false
    }
  }
}

该例外仅允许该来源的 RFC1918 Docker/LAN 地址。自助回环、云元数据/链路本地地址以及其他私有来源仍然被阻止。DNS 和批准会在连接/请求边界以及工具准入时检查；撤销管理标志会阻止池化连接的下一次调用。自助重定向仍然禁用；共享传输的重定向在连接到其目标之前会被检查。此设置既不会改变 web_fetch，也不会改变原生论文/仓库下载。管理员拥有的旧版 local/stdio 配置保持原有行为。原生 arXiv 元数据在进程内进行限速；提供商的速率限制错误仍然可见。请参阅 arXiv API 文档。